Depuis les années 1890, 9 300 hectares sur les 16 000 hectares de la plaine d'inondation de la rivière Kootenay ont été endigués au profit de l'agriculture, détruisant ainsi l'habitat naturel. Les biologistes et les écologistes recommandèrent de protéger le reste de cette précieuse zone humide comme réserve faunique. La Creston Valley Wildlife Management Area (CVWMA) fut créée en 1968 mais la région doit maintenant être gérée intensivement sur dix-sept compartiments endigués séparés. Des pompes règlent le niveau de l'eau, permettant de drainer temporairement certaines sections afin de contrôler la végétation aquatique et de recycler les nutriments. D'autres zones sont cultivées avec des plantes qui attirent les oiseaux en vue de les détourner des récoltes dans les environs.
Le barrage Duncan fut construit à 10 km de la pointe Nord du lac Kootenay en 1967 et, en 1972, le barrage Libby fut érigé à son tour sur la rivière Kootenay dans le Montana. Ces deux barrages eurent des répercussions profondes sur l'écologie de la rivière et du lac. Ils ont en effet détruit une bonne partie de l'habitat de frai des poissons et de l'habitat des terres humides en bordure des rivières. Le limon et les nutriments emportés par la rivière se déposaient surtout dans les réservoirs en amont des barrages au lieu d'être déposés dans les plaines d'inondation. Le lac Kootenay s'épuisait, les nutriments ayant baissé à un tiers des niveaux antérieurs. Les chaînes alimentaires commencèrent à s'effondrer et, à compter de 1990, la population de saumons kokanis (la forme d'eau douce du saumon sockeye) avait diminué dramatiquement. Les populations de grands ombles à tête plate et de truites arc-en-ciel qui se nourrissaient de petits kokanis diminuèrent également. Ce n'est qu'après le lancement d'un vaste programme de fertilisation artificielle du lac, en 1992, que ces poissons commencèrent à se rétablir. La fertilisation augmentait la présence du plancton que mangent les petits poissons, qui à leur tour alimentaient les espèces plus grandes.
