Bien qu’il eût de graves doutes au sujet de l’aspect pratique de la confédération de la Colombie-Britannique avec le Canada, le docteur Helmcken fut amené à soutenir l’union projetée et, par la suite, se joignit à un groupe de trois délégués envoyés à Ottawa pour en négocier les termes. Après leur retour, Joseph Trutch (qui devait bientôt devenir Lieutenant-gouverneur de la Colombie-Britannique) tenta de le persuader de former le premier gouvernement provincial. Cependant, Helmcken décida d’abandonner la politique et de se dévouer à sa famille ainsi qu’à sa carrière médicale.